Sau khi tìm thấy vỏ của một Ohmu[lower-alpha 16] trong lúc thu thập bào tử ở cánh rừng độc hại, Nausicaä đã giải cứu Sư phụ Yupa khỏi một Ohmu mà cô xoa dịu. Ngài Yupa đã tặng Nausicaä một con sóc cáo mà cô đặt tên cho nó là Teto. Khi trở lại Thung lũng gió, Obaba kể về huyền thoại Áo Choàng Xanh, người sẽ bước đi trên một cánh đồng vàng và mang lại sự sống cho Trái Đất. Ở đêm tiếp theo, một chiếc tàu bay từ Tolmekia đã bị côn trùng tấn công và đâm sầm xuống Thung lũng gió và Nausicaä kịp nghe những lời trăn trối của Lastel, công chúa của thành bang Pejite muốn phá hủy kiện hàng của tàu. Khi người dân của Thung lũng gió cố phá hủy những bào tử phát tán lên không trung từ cánh rừng độc hại, họ chú ý đến một con côn trùng khổng lồ bị thương được Nausicaä trấn an đã rút lui về rừng.

Kiện hàng của tàu bay từ Tolmekia, là một chiến thần đang chìm trong giấc ngủ, được người dân của Thung lũng gió thu hồi lại và họ ngay lập tức chứng kiến sự xuất hiện của nhiều tàu bay Tolmekia và xe tăng. Phụ vương Jihl của Nausicaä bị quân Tolmekia giết chết. Đội tàu Tolmekia do công chúa Kushana lãnh đạo đã dự định thu hồi và thức tỉnh chiến thần nhằm sử dụng với mục đích thiêu trụi khu rừng độc hại. Obaba phản đối ý định này, nói rằng bất cứ ai cố phá hủy cánh rừng sẽ bị Ohmu trừng phạt và cánh rừng sẽ mọc tràn ra cả thị trấn và lan ra cả cơ thể con người. Tuy nhiên, để ngăn chặn một cuộc thảm sát, Nausicaä chấp nhận trở thành con tin của Kushana và tháp tùng Kushana để tái gia nhập lực lượng quân chủ lực Tolmekia tại thành bang Pejite, nơi đã bị quân đội Tolmekia chiếm đóng.

Trong suốt hành trình, họ đã bị hoàng huynh Asbel của công chúa Lastel tấn công. Anh gần như hủy diệt toàn bộ hạm đội và dường như đã bị giết. Mito, Nausicaä và Kushana đã sử dụng máy bay chiến đấu để chạy trốn và đáp xuống một cánh rừng. Nausicaä giao tiếp với Ohmu và phát hiện ra Asbel vẫn còn sống và cô sử dụng tàu lượn để giải cứu. Họ bị sa vào một bãi cát của khu rừng và phát hiện ra một thế giới không bị nhiễm độc phía dưới khu rừng. Nausicaä nhận ra rằng cây cối của khu rừng đã làm sạch đất đai và cung cấp nước sạch và không khí.